全巻一括検索はもちろん、各巻ごと、もしくは任意の複数巻の指定も可能である。また「典籍ごとに指定する」をクリックすることによって、文献ごと、もしくは任意の複数文献の検索が可能となる。
また、「著者から指定する」をクリックすると、『浄土宗全書』に３文献以上が所収されている著者に限り、その著者の所収典籍の一括指定も可能である。著者の配列はほぼ年代順である。著作が一括指定できる著者名は以下の通り。なお、四角括弧の中の数字は、著書が所収されている巻数。
曇鸞〔1〕、智顗〔5・6・15〕、善導〔2・4〕、窺基〔5・6〕、元暁〔5・6〕、源空（法然）〔7・9〕、弁長（聖光）〔7・10〕、良忠〔1・2・4・7・11・15〕、了慧（道光）〔1・8・14・15・17〕、良暁〔7・11〕、良栄〔1・4・11〕、聖冏〔3・4・7・9・10・11・12・15〕、聖聰〔4・7・9・10・13・14〕、加祐〔4〕、忍澂〔9・16〕、義山〔9・14・15・16〕、珂然〔17・18〕、摂門〔19・20〕
このうち、「源空（法然）」には第9巻所収の了慧輯録『漢語灯録』『拾遺漢語灯録』『和語灯録』『拾遺和語灯録』が含まれる。逆に「了慧（道光）」にはこれらは含まれない。また、「義山」には第9巻所収の義山・素中『和語灯録日講私記』と第16巻所収の円智・義山『円光大師行状画図翼賛』も含まれる。
なお、2文献が所収されている著者とその所収巻数は以下の通り。（五十音順に記載）
永観〔15〕、戒度〔5〕、覚明〔8〕、吉蔵〔5〕、慧遠〔5〕、元照〔5〕、高弁（明恵）〔8〕、宗暁〔6〕、聖覚〔14・17〕、珍海〔15〕、貞極〔8・9〕、日蓮〔8〕、妙瑞〔8・10〕、良遍〔15〕、鸞宿〔8・19〕
２語以上のAnd検索はそれらの語が5行以内に現れる場合にヒットする。Or検索は指定した２語以上のいずれかの語がヒットすれば、それらがすべて検索結果として表示される。Not検索は例えば「阿弥陀」で検索を行った際、「阿弥陀仏」という検索結果を排除して表示したい場合に用いる。その際、入力順序を逆にしないように注意のこと。逆にすると１件もヒットしない。
トップページ画面下部の「検索オプション」で、検索結果の表示順、一画面での検索結果の表示件数を指定できる。
検索の利便性への配慮、および作業を進めてゆく中での混乱、更にはそもそも字体そのものが写本・刊本によって一定していないなどの理由で、字体の細かな相違に関しては厳密を期していない。よって、字として同じ文字と考えられ、しかも字体の相違がわずかである場合は、あえて画像文字（GT漢字）を用いず、ユニコードの文字に置き換えるなどの装置を取っている。もし『浄土宗全書』版本の正確な字体を知りたい場合は、検索結果の当該ページを表示し、その画面中にある「画像情報」のボタンをクリックして、写真版を確認のこと。
文字データはユニコードのUTF-8で入力されている。ただし、ユニコード自体の文字コードが一部変更されていたり、更にはOSによってユニコードの表示が変わったりする。古いOSのヴァージョンでは正しい検索結果が得られないことがあるので、注意のこと。
文字は旧字体であろうと新字体であろうと、また異体字であろうと、ユニコードに存在すればどの字体で検索しても同じ結果になることを目指して作成されている。しかしながら、実際には「序言」でも記したように、関連付けが未だなされていない文字の組み合わせが存在する可能性がある。よって、正確な検索結果を期待する場合は、考えうるすべての字体（本字・新字体・異体字）で検索することを勧める。一方、ユニコード（UTF-8）に存在しない文字は画像文字（GT漢字）で表示されているが、この画像文字（GT漢字）による直接的な検索はできない。そこで次善の策として、以下の方法が考えられる。即ち、その文字が異体字である場合、その文字の本字がユニコード（UTF-8）にあるならば、その本字を入力することによって、画像文字（GT漢字）を検索できるはずである。ただし、その文字の前後の文字が分かっているなら、その前後の文字で検索するのが最適と考えられる。
「座」と「坐」、「抄」と「鈔」、「遍」と「徧」などはほぼ同じ意味で、相互に置き換え可能ではあるが、字としては別の字であるので、関連づけはなされていない。よって、例えば「略抄」もしくは「略鈔」という言句を検索したい場合は、「略抄」と「略鈔」の両方を検索ウィンドウに入力し、Or検索で検索する必要がある。ただし、「回」と「廻」は字としては異なる文字であるが、頻出する文字であるので、検索の便宜を考え、この両字だけは関連づけを行った。よって、「回向」で検索しても「廻向」もヒットする。
「ゝ」「々」などの踊り字は、たとえ原文がそうなっていたとしても、原則として用いていない。例えば「つゝみ」は「つつみ」、「日々」は「日日」といったように表記した。（ただし、「南無阿彌陀佛々々」などのように、どの文字を繰り返したらよいかが明確でない場合のみ、踊り字をそのまま残した。）なお、和文文献において、漢字一字の後に、「２字以上の文字の繰り返しを表す踊り字（「く」の字の細長い形）」が付されている場合は、漢字を繰り返すのではなく、仮名で繰り返しが行われている。例えば、「人人」ではなく「人ひと」もしくは「人びと」というように。一方、漢字2字以上の後に、「２字以上の文字の繰り返しを表す踊り字」が付されている場合は、漢字を繰り返した。例えば、「一人一人」「目出度目出度」など。
一方、濁点の有無は『浄土宗全書』の原文の表記に基づいた。文献によって濁点を付している場合とそうでない場合があるので、例えば「鏡」という語を和文文献も含めてすべて検索したい場合は、「鏡」「かかみ」「かがみ」の３つのパターンで検索する必要がある。
検索してヒットした箇所があると「検索結果（選択）画面」にそれらが一覧表示される。一覧表の中、「書籍概要」の欄の行頭の数字は順に、巻数・頁数・段・行数である。例えば「05,0186b21」ならば、5巻186頁下段21行目という意味である。その後には典籍名・著者名が記される。そして「書籍情報」の部分をクリックすると、ヒットした語を含むページの全体が表示される。なお、新たに追加された『法然上人伝全集』は、「書籍概要」の欄の行頭の巻数のところが「31」と表示される。例えば「31,0331b07」などというように。
本システムでは、検索した語が一つのページに2例以上現れても、検索結果画面ではそのうちの最後の1例しか表示されない。検索結果の「件数」というのも、検索した語が現れる頁の数であって、実際の用例件数ではない。検索結果の実際の用例件数は、検索結果の「件数」と同じか、それより多い。よって、すべての用例を調べたい場合は、検索結果表示画面に現れた検索結果のすべてをクリックし、全ページを確認してゆく必要がある。
図・系図・表に含まれる文字および文字列は、原則としてすべて入力され、検索対象となっている。なお、その文字・文字列はできる限りそれらが掲載されているページ・段に所載するようにしたが、中には電子テキスト化する際、実際に掲載されているページ・段より前のページ・段に移動されている場合がある。つまり検索結果画面で表示されるページ・段にはその語はなくて、実際には次のページ・段のはじめにあるという場合が起こりえるので注意のこと。
テキスト中には画像文字（GT漢字）が使用されている。これらの文字は他のユニコードにある文字と関連づけが可能な場合、そのユニコードの文字で検索するとヒットするようになっている。よって、画像文字（GT漢字）が検索結果に表示される場合がある。ただし、ハイライト表示されない点につては、次項を参照。
検索にヒットした語は黄色でハイライト表示されるが、画像文字（GT漢字）の場合は、ヒットしてもハイライト表示にならない。即ち、検索でヒットしているはずなのに、検索結果一覧や該当文字を含むページ全体のテキスト表示面でハイライト表示がなされない場合は、画像フォントがヒットしているか、システム上の不具合かのいずれかといえる。
もとの画面に戻る場合、ブラウザーの「バック・ボタン」ではなく、「戻る」のボタンで戻ること。「バック・ボタン」で戻ろうとすると、警告表示が出たり、うまく戻れなかったりする。
「画像情報」のボタンをクリックすると、当該ページの写真版が表示される。その写真版のサイズは一覧表示用の大きさで画面表示されるので、もし小さすぎて見にくい場合は「300dpiで見る」のボタンを押すと、拡大した画像サイズで写真版を見ることができる。
平成23年2月作成，平成24年7月改訂，平成28年11月改訂
